明清时期产生了一些彝医古籍，临床应用的彝药数量逐渐扩大，据当时彝医古籍记载，已有400余种彝药，仅《明代彝医书》就收入彝药231种。这一时期，彝药出现了两个特点：一 是广泛使用动物药，入药部位涉及皮、毛、骨、角、筋、血、脏器。二是在双柏、禄劝、元江、 新平等地出现了相互迥异的区域性用药特点。此后，还在四川凉山发现2本《此母都齐》残卷, 系彝药验方古籍，另外还发现诊断治疗牛、马、羊的兽医药学，治疗手段采用彝药灌服和针刺放血疗法。

《滇南本草》是一部明代著名的地方性本草，以汉文写成，收载药物507种。其中，天然植物药占93%，还附有很多兰茂的验方和民间收集到的单方和验方。

《齐苏书》（即《明代彝医书》），成书于明嘉靖四十五年（1566年），记载常见病59种，单方验方226方，彝药数量达231种。 具有浓厚的区域性用药特点和淳朴的彝族方言特色，明白易懂。其组方用药以单方为主要配伍形式，多味配伍的较少。

清康熙初期，在云南通海出现一所产销一体的药厂和药店，叫做“老拨云堂”，以制造销售 “拨云锭眼药”起家创业，逐渐发展成为能生产多种彝药成药的著名药厂，并一直延续至今，现 在已经形成具有一定规模和实力的制药企业。

成书于明嘉靖年间（1522 ~ 1566年）的古彝文书《献药经》明确记载64种动物药和5种植物药。加上唐代《新修本草》、 宋代《图经本草》、明代《滇南本草》、清代《本草纲目拾遗》等所收载的彝药共有400多种。

《西南彝志》及《宇宙人文论》均形成于清康熙三年至雍正七年（1664 —1729年）间，以彝文写成，包括宇宙万物的起源、历史、哲学、天文历法及彝医基础理论等内容。此二书是发掘、整理和研究彝医基础理论的重要典籍。

清康熙三年至雍正七年（1664—1729年）间还产生了一部重要的彝族医药古籍《启谷署》， 后在贵州仁怀县发现，系葬文手写本，1991年整理出版。全书分5门28类260方。其中，内科 门7类76方，妇科门6类34方，儿科门4类12方，外科门16类88方，五官门5类50方。为彝文医药古籍中的验方单方善本，具有较大的参考价值。

1979年陆续发现的彝文古籍尚有《医病书》、《医病好药书》、《看人辰书》及 《小儿生理书》等多部彝文古籍。这些古籍代表了明清时期质朴晓畅的彝族方言文字特点和浓厚的区域用药特色，为彝族医药的发展增添了光辉的一页。

《老五斗彝医书》，系云南省新平彝族傣族自治县老五斗一带的彝文抄本。《洼旌彝医书》系云南省元江县的彝文抄本。均产生于清末，内容丰富，区域性用药特点明显，具有临床实用价值。1991年经玉溪地区民委、药检所及新平县等联合翻译整理成合刊本《哀牢山彝族医药》。

《元阳彝医书》系道光二十二年（1842年）云南红河州攀枝花乡的彝文古籍抄本。记录病 症80个，彝药200余种，附简易外科手术及中毒解救法。

清末时期金平县流行有两种彝文古籍抄本，一系《竜者彝医书》，一系《迤施河彝医书》，二者内容多数雷同，以后者内容较为完备，具有典型的新平县彝族文字特点及用药习惯，有一定的临床参考价值及实用性。

清同治九年（1871年），川东地区出现过一部本草和验方性质的古籍，基本上囊括了该地区分布的大部分天然动、植、矿物药，称之为《草本便方》，从药物品类上看，收载的多数为彝药。清光绪二年（1876年），川西人龚锡麟撰写了一部称作《天宝本草》的地方性本草书籍，所收载的均为彝族习用药物。《草木便方》和《天宝本草》写作体裁相似, 均以七言四句写成。二书是研究彝药的重要古籍。

此前还有清赵学敏所著的《本草纲目拾遗》，共10卷，收载药物716种。其中，有很多是产于西南彝区的药物，故该书还是研究彝医药物和验方的重要参考书。

民国时期，滇中及凉山地区的彝药贸易兴起。1942年的《西昌县志》说：云南彝区出产的 茯苓、猪苓、沙参、石斛……在西昌交易后运往四川的各3 000斤以上，而凉山售往云南的防风 达2万斤，贝母、秦充各数千斤。民国政府还对凉山地区的彝药进行了考察，1947年的《大小凉山开发概论》中说：“大小凉山向以出产药材著称，见于志书者，雷波出贝母、附子、黄连， 俗传之凉山夷界三宝山，即因产以上三种药材命名”，等。

1923年以后，云南白药的研制者曲焕章集中精力在临床上总结验证，终于使白药达到了最理想的疗效，成为 “一药化三丹一子”：即普通百宝丹、重升百宝丹、三升百宝丹、保险子。于是云南白药的声誉， 由国内走向中国港、澳，新加坡、雅加达、仰光、曼谷以及日本等地。1931年曲焕章在昆明金 碧路建盖“曲焕章大药房”，云南白药的最高年销售量曾高达49万瓶。

云南白药对常见病、多发病有确切疗效，对某些疑难病也有一定作用。我国权威性的医书《实用内科学》以及全国医学院校教材《内科学》，均将云南白药广泛作为治疗上消化道出血和咯血的常用药物。国际上也很重视对云南白药的研究，美国肿瘤研究所从云南白药中发现皂甙I或皂甙 VI,均显示有抗癌活性。